Jusqu'à la loi de séparation de 1905, les questions religieuses apparaissaient comme trop susceptibles de porter atteinte à la paix publique pour pouvoir être confiées au juge ordinaire ; ces questions relevaient pour l'essentiel du Conseil d'État en tant que juge de l'abus. Depuis la loi de séparation, les divers ordres de juridictions se partagent la compétence dans ce domaine, La justice, qu'elle soit constitutionnelle, administrative, judiciaire ou européenne a le premier rôle dans la fixation du droit applicable, qu'elle semble parfois façonner presque librement. Néanmoins, le juge judiciaire et le juge administratif n'appréhendent pas le fait religieux de la même façon. Le juge judiciaire se considère comme saisi de l'application du droit commun (Code civil, Code pénal, Code du travail, etc.) à la matière religieuse ; il qualifie les faits religieux au regard des catégories du droit commun qu'il applique. En revanche, le juge administratif applique à la matière religieuse un droit spécifique, le droit des cultes. Ces juridictions étatiques ne sont pas seules à intervenir. En effet, les collectivités religieuses affirment parfois leur compétence pour créer des juridictions religieuses qui prétendent appliquer elles-mêmes un droit religieux.